Bjr l'année derniere on voulait aussi s'arreter a malte sur le trajet de la grece avec un chien a bord.
apres renseignement pas évident a trouver pour malte mais c'est soi disant systeme anglais !
En angleterre c'est simple soit tu y vas en ferry avec ton chien et la si tout est en regle avec puce, controle vétérinaire a l'embarquement et a l'arrivée! c'est faisable .
En bateau privé non car il ne peuvent pas faire de controle au départ et a l'arrivée voila la réponse que j'ai eu, pas facile les anglais!
Au final on est passé par le nord de la sicile et non le sud.
Si cela a pu vous éclairer un peu.

Bonjour,
je suis passé sans problème à Malte avec notre chien en 2007. C'est compliqué mais faisable. Il faut contacter au préalable par Email l'organisme local qui indiquera ce qu'il est nécessaire d'avoir et de faire. 
Border Inspection Post
Food & Veterinary Regulation Division
Ministry for Rural Affairs & the Environment
Albertown
Marsa
MALTA.

Voilà ce que j'avais eu comme réponse
Dear Sir
Pets entering Malta have to be:
1.  Rabies vaccinated and microchipped
2.  After one month blood tested (rabies titration test)
3.  six months have to pass from the date of the blood test so that pet shall not undergo quarantine.
If pet travels to Malta before the siz month period, than there is a quarantine of one month.
I hope this explains the procedure.  If you have any questions pls do not hesitate to e mail me.
Regards

Donc, le plus compliqué (et coûteux) est de faire faire par un laboratoire départemental agréé une sérologie pour doser les anticorps anti rage dans le sérum du chien ; c'est obligatoire. La date de prélèvement sanguin doit être postérieure de 6 mois à vaccination ou rappel et/ou ce test doit être fait 6 mois avant d'entrer à Malte (enfin, c'est ce que j'avais eu du mal à comprendre car ils ont un anglais spécifique assez difficile à comprendre).

Ensuite, prévenir quelques jours avant le même organisme de la date d'arrivée sur Malte pour prendre RDV avec un veto qui viendra à bord contrôler tous les documents (passeport Européen et carnet de vaccination) et donner son aval au débarquement du chien (ou du chat). Il faut savoir qu'ils sont très tatillon et il faut veiller à ce que les vaccinations et rappels annuels soient dans les clous et ne dépassent pas d'une journée la date de rappel.

Notre chien a donc débarqué à Malte et on l'avait toujours avec nous dans les bus, au restau et dans les villes.

C'était en 2007 mais je ne pense pas que ça ait changé depuis.

cordialement

Alain
 

 j'ai lu quelque part que ca s'etait assoupli tout comme les uk
helas je n'ai pas la reference.