Le Navtex de Furuno a une très bonne sensibilité. De nuit, on capte souvent à des milliers de kilomètres. Il faut d'ailleurs rigoureusement sélectionner le ou les émetteur(s) pour ne pas être submergé de messages. Il n'est donc pas stupide à priori d'ESSAYER de le mettre à l'intérieur: regarder le nombre de messages sur quelques jours avec l'antenne à l'extérieur et à l'intérieur, pour voir s'il y a des pertes (ou comparer avec un récepteur installé sur un bateau ami dans le même port). Les ondes moyennes (518 kHz = 580 m) sont peu perturbées par une installation intérieure comme on peut le vérifier sur un poste de radio ordinaire...Mais il existe des configurations géographiques (collines / montagnes entourant un site par exemple) qui peuvent perturber la réception. Peut-être pouvoir sortir l'antenne en cas de besoin ?
Je pense, mais les conseilleurs ne sont pas les payeurs, qu'il est tout à fait possible de couper le cable d'antenne, SI L'ON EST CAPABLE ENSUITE DE RESOUDER/ RECONSTITUER LA TRESSE (BLINDAGE) pour éviter les interférences (pas de problème d'impédance comme sur les radars) Mais la garantie risque alors de disparaître. Si le champignon est une antenne passive, comme je le pense, on peut faire marcher le navtex avec un bout de câble électrique blindé ordinaire...

PS j'ai supposé que le bateau n'était pas en ACIER

 Bonjour, 
La réponse de Latour est plus savante que je ne saurai le faire. Néanmoins, pour en être à ma deuxième antenne, je me permets de dire que plus c'est placé haut, mieux c'est pour la réception (on en voit sur les barres de flèches ou portiques de pas mal de bateaux) . Qu'effectivement en la mettant sur le balcon AR, on n'est pas à l'abri d'un arrachage par le bout du pare-battage d'un (gros) voisin qui arrivait dans une place très serrée (ce qui m'est arrivé). 
Bon vent
Jacques2